自然保护组织和明尼苏达大学合作对生物燃料对全球变暖的影响进行了调查，调查显示由于耕种生物燃料原料作物而产生的二氧化碳排放相当严重，将会促使全球变暖进一步加剧。研究者们对两项数据进行比较后认为，人们使用生物燃料而减少的碳排放远远不及破坏森林而增加的二氧化碳。

　　 无论生物柴油还是生物乙醇，都需要大片的原料种植地，为了种植玉米、甘蔗（生物乙醇原料）和棕榈树、大豆（生物柴油原料），人们砍伐大量的森林来满足燃料原料的用地需求。研究表明，森林破坏而造成的大气中的二氧化碳增加是使用生物燃料而减少二氧化碳排放量的17到420倍。

　　 生物燃料之所以可以产生能量，主要是因为将存储在原料作物中的碳元素以二氧化碳的形式排放到大气中。 这些碳元素以固态形式留存于植物中经历了成百年的历史。如果生物燃料真的对全球变暖其到改善效果，起码等到使用生物燃料减少的二氧化碳超过这些森林所储存的碳元素。

　　印尼的棕榈油制生物燃料在全球受到最多质疑，据了解，由于丧失那些森林而产生的二氧化碳需要423年的时间才能被重新吸收完毕。 研究者认为，土地所有者在焚烧森林种植燃料原料的过程中获得经济利益，却没有为增加的碳排放支付相应的代价，这将会给地球环境带来更大的压力。

　　在各种替代能源中，生物燃料的回报率并不是最高的，尤其考虑到环境因素，生物燃料更是受到很多负面指责。土壤中储存的固态二氧化碳数量惊人，由于原料种植促使人们将