为加强自治区水资源的统一管理和有效监督，促进水资源的合理开发、优化配置和节约保护，《内蒙古自治区取水许可和水资源费征收管理实施办法》于2008年3月1日起施行。同时废止了2000年10月31日自治区人民政府发布的《内蒙古自治区取水许可制度实施细则》。
《办法》把水资源和水利工程摆在坚持节约资源和保护环境基本国策的突出位置，按照科学发展观的基本要求，充分体现了管好资源权的基本原则，适应建设节水型社会对水资源管理的新要求。该《办法》在总结实施《内蒙古自治区取水许可制度实施细则》经验的基础上，突出了水资源统一管理、优化配置和节约保护，把国家和自治区水资源的政策、思路和目标通过政府规章的形式固定下来。
《办法》共7章，35条。分总则、取水的申请和受理、取水许可审批、水资源的征收和使用管理、监督管理、法律责任和附则。